id String | Unique variant ID, |
this consists of chromosome, position, reference and alternate alleles in this format: chrom:pos:ref:alt | |
chromosome String | The chromosome where the genomic |
variant is located | |
start int | The |
1-based position where the genomic |
variant starts. For variants coming from VCF files, this position is likely to be normalised | |
end int | The |
1-based position where the genomic |
variant ends. For variants coming from VCF files, this position is likely to be normalised | |
reference String | Reference |
allele. For variants coming from VCF files, this position is likely to be normalised | |
alternate String | Alternate allele. For variants coming from VCF files, this position is likely to be normalised |
ancestralAllele String | |
xrefs List<Xref> | |
hgvs List<String> |
Alternate allele
displayConsequenceType String | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
consequenceTypes List<ConsequenceType> |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
populationFrequencies List<PopulationFrequency> |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
minorAllele String | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
minorAlelleFreq float | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation List<Score> |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
geneTraitAssociation List<GeneTraitAssociation> |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
geneDrugInteraction List<GeneDrugInteraction> |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
traitAssociation List<EvidenceEntry> | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
functionalScore List<Score> |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cytoband List<Cytoband> |
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repeat List<Repeat> |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
drugs List<Drug> |
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additionalAttributes Map<String, AdditionalAttribute> |